Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USF3Q68DE3 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
USF3Q68DE3 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.5 ms