Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A4P53420 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.7 ms