Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG3P49916 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG3P49916 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG3P49916 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG3P49916 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms