Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL18A1P39060 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms