Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMCH1Q9UPQ0 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms