Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC26.7■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
SHANK3Q9BYB0 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SHANK3Q9BYB0 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.8 ms