Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
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USP53Q70EK8 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
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USP53Q70EK8 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
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USP53Q70EK8 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
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USP53Q70EK8 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
USP53Q70EK8 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC19.76■□□□□ 0.75
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