Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM28Q13263 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
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