Protein–RNA interactions for Protein: Q12946

FOXF1, Forkhead box protein F1, humanhuman

Predictions only

Length 379 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXF1Q12946 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
FOXF1Q12946 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms