Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
COL4A3Q01955 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
COL4A3Q01955 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms