Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms