Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms