Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
DDX28Q9NUL7 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
DDX28Q9NUL7 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
DDX28Q9NUL7 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms