Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CLIP3Q96DZ5 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CLIP3Q96DZ5 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CLIP3Q96DZ5 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CLIP3Q96DZ5 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CLIP3Q96DZ5 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CLIP3Q96DZ5 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CLIP3Q96DZ5 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CLIP3Q96DZ5 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CLIP3Q96DZ5 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CLIP3Q96DZ5 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CLIP3Q96DZ5 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
CLIP3Q96DZ5 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CLIP3Q96DZ5 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
CLIP3Q96DZ5 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CLIP3Q96DZ5 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CLIP3Q96DZ5 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CLIP3Q96DZ5 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CLIP3Q96DZ5 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLIP3Q96DZ5 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLIP3Q96DZ5 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLIP3Q96DZ5 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms