Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC35.76■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC35.75■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC35.74■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC35.73■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC35.73■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC35.72■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC35.71■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC35.71■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC35.71■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC35.7■■■■□ 3.31
COL18A1P39060 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
COL18A1P39060 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.68■■■■□ 3.3
COL18A1P39060 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
COL18A1P39060 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
COL18A1P39060 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
COL18A1P39060 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
COL18A1P39060 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC35.66■■■■□ 3.3
COL18A1P39060 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC35.66■■■■□ 3.3
COL18A1P39060 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
COL18A1P39060 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
COL18A1P39060 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC35.63■■■■□ 3.29
COL18A1P39060 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
COL18A1P39060 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
COL18A1P39060 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC35.61■■■■□ 3.29
COL18A1P39060 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
COL18A1P39060 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
COL18A1P39060 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC35.61■■■■□ 3.29
COL18A1P39060 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC35.61■■■■□ 3.29
COL18A1P39060 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
COL18A1P39060 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
COL18A1P39060 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
COL18A1P39060 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC35.59■■■■□ 3.29
COL18A1P39060 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC35.59■■■■□ 3.29
COL18A1P39060 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
COL18A1P39060 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC35.57■■■■□ 3.28
COL18A1P39060 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.28
COL18A1P39060 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC35.56■■■■□ 3.28
COL18A1P39060 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
COL18A1P39060 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC35.55■■■■□ 3.28
COL18A1P39060 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
COL18A1P39060 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
COL18A1P39060 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
COL18A1P39060 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
COL18A1P39060 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.52■■■■□ 3.28
COL18A1P39060 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
COL18A1P39060 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
COL18A1P39060 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
COL18A1P39060 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC35.49■■■■□ 3.27
COL18A1P39060 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC35.49■■■■□ 3.27
COL18A1P39060 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.48■■■■□ 3.27
COL18A1P39060 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
COL18A1P39060 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
COL18A1P39060 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
COL18A1P39060 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
COL18A1P39060 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC35.42■■■■□ 3.26
COL18A1P39060 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC35.42■■■■□ 3.26
COL18A1P39060 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
COL18A1P39060 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
COL18A1P39060 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
COL18A1P39060 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
COL18A1P39060 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC35.41■■■■□ 3.26
COL18A1P39060 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
COL18A1P39060 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.4■■■■□ 3.26
COL18A1P39060 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC35.39■■■■□ 3.26
COL18A1P39060 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.26
COL18A1P39060 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC35.37■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC35.35■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
COL18A1P39060 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.32■■■■□ 3.24
COL18A1P39060 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
COL18A1P39060 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
COL18A1P39060 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC35.31■■■■□ 3.24
COL18A1P39060 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC35.3■■■■□ 3.24
COL18A1P39060 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC35.3■■■■□ 3.24
COL18A1P39060 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
COL18A1P39060 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
COL18A1P39060 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
COL18A1P39060 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
COL18A1P39060 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
COL18A1P39060 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC35.28■■■■□ 3.24
COL18A1P39060 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC35.27■■■■□ 3.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms