Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
HOXD4P09016 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.38
HOXD4P09016 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXD4P09016 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXD4P09016 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
HOXD4P09016 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms