Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
MSH5O43196 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
MSH5O43196 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
MSH5O43196 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
MSH5O43196 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
MSH5O43196 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC34.89■■■■□ 3.18
MSH5O43196 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.89■■■■□ 3.18
MSH5O43196 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC34.89■■■■□ 3.18
MSH5O43196 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
MSH5O43196 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
MSH5O43196 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
MSH5O43196 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
MSH5O43196 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
MSH5O43196 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
MSH5O43196 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
MSH5O43196 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
MSH5O43196 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
MSH5O43196 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC34.82■■■■□ 3.16
MSH5O43196 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
MSH5O43196 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
MSH5O43196 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC34.79■■■■□ 3.16
MSH5O43196 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
MSH5O43196 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.77■■■■□ 3.16
MSH5O43196 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
MSH5O43196 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.15
MSH5O43196 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.75■■■■□ 3.15
MSH5O43196 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
MSH5O43196 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.74■■■■□ 3.15
MSH5O43196 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC34.74■■■■□ 3.15
MSH5O43196 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
MSH5O43196 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC34.73■■■■□ 3.15
MSH5O43196 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC34.73■■■■□ 3.15
MSH5O43196 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC34.73■■■■□ 3.15
MSH5O43196 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
MSH5O43196 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
MSH5O43196 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.72■■■■□ 3.15
MSH5O43196 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC34.72■■■■□ 3.15
MSH5O43196 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC34.72■■■■□ 3.15
MSH5O43196 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC34.72■■■■□ 3.15
MSH5O43196 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
MSH5O43196 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
MSH5O43196 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
MSH5O43196 ATP5C1-201ENST00000335698 1078 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
MSH5O43196 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC34.71■■■■□ 3.15
MSH5O43196 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
MSH5O43196 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.7■■■■□ 3.15
MSH5O43196 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC34.7■■■■□ 3.15
MSH5O43196 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC34.7■■■■□ 3.15
MSH5O43196 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
MSH5O43196 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
MSH5O43196 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
MSH5O43196 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
MSH5O43196 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
MSH5O43196 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC34.67■■■■□ 3.14
MSH5O43196 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC34.67■■■■□ 3.14
MSH5O43196 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
MSH5O43196 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.66■■■■□ 3.14
MSH5O43196 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
MSH5O43196 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC34.65■■■■□ 3.14
MSH5O43196 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
MSH5O43196 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
MSH5O43196 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC34.64■■■■□ 3.14
MSH5O43196 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
MSH5O43196 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC34.64■■■■□ 3.14
MSH5O43196 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
MSH5O43196 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
MSH5O43196 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC34.62■■■■□ 3.13
MSH5O43196 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.61■■■■□ 3.13
MSH5O43196 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC34.6■■■■□ 3.13
MSH5O43196 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.6■■■■□ 3.13
MSH5O43196 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
MSH5O43196 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
MSH5O43196 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.58■■■■□ 3.13
MSH5O43196 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
MSH5O43196 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
MSH5O43196 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
MSH5O43196 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC34.55■■■■□ 3.12
MSH5O43196 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
MSH5O43196 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
MSH5O43196 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC34.53■■■■□ 3.12
MSH5O43196 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
MSH5O43196 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC34.52■■■■□ 3.12
MSH5O43196 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
MSH5O43196 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
MSH5O43196 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
MSH5O43196 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
MSH5O43196 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
MSH5O43196 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.5■■■■□ 3.11
MSH5O43196 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC34.49■■■■□ 3.11
MSH5O43196 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
MSH5O43196 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
MSH5O43196 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
MSH5O43196 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
MSH5O43196 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC34.47■■■■□ 3.11
MSH5O43196 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC34.47■■■■□ 3.11
MSH5O43196 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
MSH5O43196 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
MSH5O43196 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC34.46■■■■□ 3.11
MSH5O43196 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
MSH5O43196 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.44■■■■□ 3.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms