Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms