Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.1 ms