Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms