Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
ZNF541Q9H0D2 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC24.83■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC24.83■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC24.83■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms