Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA3Q8IX90 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms