Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC28.12■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP3Q7Z494 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms