Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SYNE3Q6ZMZ3 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SYNE3Q6ZMZ3 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms