Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN9AQ15858 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN9AQ15858 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
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