Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44 ms