Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF3Q9UKF6 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms