Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.4 ms