Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS53Q5VIR6 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.5 ms