Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6N9

USH1C, Harmonin, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USH1CQ9Y6N9 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
USH1CQ9Y6N9 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USH1CQ9Y6N9 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms