Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYV2

TRIM54, Tripartite motif-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM54Q9BYV2 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TRIM54Q9BYV2 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
TRIM54Q9BYV2 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
TRIM54Q9BYV2 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
TRIM54Q9BYV2 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TRIM54Q9BYV2 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms