Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC26.33■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms