Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms