Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms