Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms