Protein–RNA interactions for Protein: Q9HBJ7

USP29, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 29, humanhuman

Predictions only

Length 922 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP29Q9HBJ7 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP29Q9HBJ7 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC21.27■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC21.27■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USP29Q9HBJ7 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms