Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SHANK3Q9BYB0 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SHANK3Q9BYB0 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SHANK3Q9BYB0 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SHANK3Q9BYB0 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SHANK3Q9BYB0 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SHANK3Q9BYB0 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SHANK3Q9BYB0 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SHANK3Q9BYB0 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHANK3Q9BYB0 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SHANK3Q9BYB0 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.9 ms