Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIG3P49916 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIG3P49916 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIG3P49916 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIG3P49916 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIG3P49916 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
LIG3P49916 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIG3P49916 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIG3P49916 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIG3P49916 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIG3P49916 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIG3P49916 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIG3P49916 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIG3P49916 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIG3P49916 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIG3P49916 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIG3P49916 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIG3P49916 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIG3P49916 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIG3P49916 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIG3P49916 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIG3P49916 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIG3P49916 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIG3P49916 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIG3P49916 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIG3P49916 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIG3P49916 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIG3P49916 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIG3P49916 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LIG3P49916 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIG3P49916 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIG3P49916 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIG3P49916 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIG3P49916 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
LIG3P49916 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIG3P49916 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIG3P49916 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIG3P49916 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIG3P49916 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIG3P49916 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIG3P49916 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIG3P49916 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms