Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.21■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.21■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC36.21■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.21■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC36.18■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC36.18■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC36.17■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.17■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC36.17■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC36.17■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC36.16■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.16■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.16■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC36.16■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.16■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC36.15■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.15■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC36.15■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC36.15■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.13■■■■□ 3.38
CCDC88BA6NC98 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC36.12■■■■□ 3.37
CCDC88BA6NC98 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC36.12■■■■□ 3.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms