Protein–RNA interactions for Protein: Q9BWF2

TRAIP, E3 ubiquitin-protein ligase TRAIP, humanhuman

Predictions only

Length 469 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAIPQ9BWF2 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
TRAIPQ9BWF2 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRAIPQ9BWF2 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms