Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC140Q96MF4 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms