Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A3Q14050 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL9A3Q14050 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
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