Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A3Q01955 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A3Q01955 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A3Q01955 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A3Q01955 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A3Q01955 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A3Q01955 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A3Q01955 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A3Q01955 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A3Q01955 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A3Q01955 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL4A3Q01955 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL4A3Q01955 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A3Q01955 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A3Q01955 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A3Q01955 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A3Q01955 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A3Q01955 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A3Q01955 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A3Q01955 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A3Q01955 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A3Q01955 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A3Q01955 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC21.27■■□□□ 1
COL4A3Q01955 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL4A3Q01955 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms