Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A3P12111 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms