Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIMA1Q9UHB6 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms