Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS54Q9P1Q0 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms