Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
NPHP3Q7Z494 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms