Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC28■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC28■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC28■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC27.95■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC27.95■■■□□ 2.07
USP54Q70EL1 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP54Q70EL1 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15 ms