Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 VHL-201ENST00000256474 3737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.013e-11■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 OSGEP-210ENST00000556124 1546 ntTSL 512.06□□□□□ -0.482e-6■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 OSGEP-209ENST00000555785 464 ntTSL 310.03□□□□□ -0.82e-6■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 OSGEP-204ENST00000554249 987 ntTSL 28.75□□□□□ -1.012e-6■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 OSGEP-208ENST00000555656 3258 ntTSL 28.35□□□□□ -1.072e-6■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 NDRG2-239ENST00000554893 578 ntTSL 417■□□□□ 0.311e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 NDRG2-238ENST00000554833 571 ntTSL 417■□□□□ 0.311e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 NDRG2-235ENST00000554489 573 ntTSL 416.71■□□□□ 0.271e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 NDRG2-237ENST00000554561 632 ntTSL 214.81□□□□□ -0.041e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 NDRG2-270ENST00000557318 515 ntTSL 214.32□□□□□ -0.121e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 NDRG2-256ENST00000556561 580 ntTSL 513.32□□□□□ -0.281e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 NDRG2-231ENST00000554415 554 ntTSL 412.27□□□□□ -0.451e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 NDRG2-232ENST00000554419 583 ntTSL 312.15□□□□□ -0.461e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 NDRG2-224ENST00000553900 576 ntTSL 28.13□□□□□ -1.111e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 NDRG2-275ENST00000557669 657 ntTSL 27.46□□□□□ -1.221e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.55e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.55e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.055e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.955e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 FOXP4-201ENST00000307972 3745 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.355e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 PCIF1-202ENST00000479348 1324 ntTSL 1 (best)12.86□□□□□ -0.351e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 RRP12-209ENST00000490815 529 ntTSL 313.16□□□□□ -0.32e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 RRP12-211ENST00000536831 4476 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.492e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 RRP12-201ENST00000315563 4038 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.612e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 RRP12-203ENST00000414986 4242 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.09□□□□□ -0.632e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 RRP12-202ENST00000370992 4425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.692e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 INPPL1-209ENST00000540973 375 ntTSL 320.88■□□□□ 0.935e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 INPPL1-214ENST00000543234 275 ntTSL 219.64■□□□□ 0.735e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.455e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 OSBPL2-201ENST00000313733 4009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.041e-6■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 OSBPL2-203ENST00000439951 3886 ntTSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.161e-6■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 OSBPL2-202ENST00000358053 3936 ntTSL 1 (best) BASIC9.75□□□□□ -0.851e-6■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 PBX2-202ENST00000478678 1320 ntTSL 1 (best)19.53■□□□□ 0.721e-6■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 PBX2-205ENST00000496171 1050 ntTSL 216.03■□□□□ 0.161e-6■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 PFKFB4-203ENST00000412035 567 ntTSL 410.61□□□□□ -0.711e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 VARS-223ENST00000474643 885 ntTSL 513.64□□□□□ -0.232e-6■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 NPIPB14P-203ENST00000532298 987 ntBASIC5.61□□□□□ -1.513e-9■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.122e-6■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.08■■□□□ 1.122e-6■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 NFKBID-204ENST00000586361 1399 ntTSL 519.57■□□□□ 0.722e-6■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.352e-6■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 NOP56-210ENST00000470143 663 ntTSL 211.22□□□□□ -0.615e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.578e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 IRF9-208ENST00000560311 648 ntTSL 25.74□□□□□ -1.495e-13■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 AKT1-219ENST00000610370 3187 ntTSL 214.93□□□□□ -0.024e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 AKT1-209ENST00000554585 858 ntTSL 313.12□□□□□ -0.314e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 AKT1-213ENST00000555458 705 ntTSL 211.6□□□□□ -0.554e-7■■■■■ 32.7
SF3A3Q12874 BPTF-208ENST00000544778 7573 ntTSL 522.34■■□□□ 1.174e-7■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.94e-7■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.274e-7■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 BPTF-205ENST00000424123 8295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)5.63□□□□□ -1.514e-7■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.952e-6■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 PAXX-206ENST00000492564 701 ntTSL 317.7■□□□□ 0.422e-7■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 PAXX-205ENST00000483807 705 ntTSL 517.16■□□□□ 0.342e-7■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 PAXX-207ENST00000493968 958 ntTSL 1 (best)16.58■□□□□ 0.242e-7■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 PAXX-208ENST00000498095 1077 ntTSL 516.03■□□□□ 0.162e-7■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 PAXX-203ENST00000467845 744 ntTSL 215.78■□□□□ 0.122e-7■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 PAXX-204ENST00000481187 794 ntTSL 314.55□□□□□ -0.082e-7■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.43□□□□□ -0.12e-7■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 USP31-203ENST00000567975 2142 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.054e-8■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 ATG16L1-208ENST00000419681 644 ntTSL 514.25□□□□□ -0.138e-8■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 TDP2-201ENST00000341060 2120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.059e-15■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.933e-6■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.73e-6■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.613e-6■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 GMPPA-207ENST00000443704 1783 ntTSL 517.94■□□□□ 0.463e-6■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.123e-6■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.053e-6■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 GMPPA-211ENST00000481170 4942 ntTSL 213.79□□□□□ -0.23e-6■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 GMPPA-206ENST00000435316 786 ntTSL 511.03□□□□□ -0.643e-6■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.243e-11■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.663e-11■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 PTPN18-215ENST00000490812 833 ntTSL 518.48■□□□□ 0.553e-11■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 PTPN18-203ENST00000409022 993 ntTSL 316.19■□□□□ 0.183e-11■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 PTPN18-208ENST00000462996 759 ntTSL 416.03■□□□□ 0.163e-11■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 PTPN18-216ENST00000495400 552 ntTSL 412.4□□□□□ -0.423e-11■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 PTPN18-209ENST00000464576 393 ntTSL 57.93□□□□□ -1.143e-11■■■■■ 32.6
SF3A3Q12874 SFXN5-206ENST00000450185 2975 ntTSL 213.03□□□□□ -0.323e-6■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SFXN5-204ENST00000416579 895 ntTSL 312.88□□□□□ -0.353e-6■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SFXN5-211ENST00000474528 4072 ntTSL 1 (best)12.78□□□□□ -0.363e-6■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SFXN5-207ENST00000461352 3578 ntTSL 1 (best)12.78□□□□□ -0.363e-6■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SFXN5-201ENST00000272433 4140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.98□□□□□ -0.493e-6■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SFXN5-203ENST00000411783 915 ntTSL 311.97□□□□□ -0.493e-6■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SFXN5-218ENST00000487508 507 ntTSL 410.47□□□□□ -0.733e-6■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SFXN5-202ENST00000410065 840 ntTSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.753e-6■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SFXN5-205ENST00000442582 489 ntTSL 38.75□□□□□ -1.013e-6■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 CHST15-201ENST00000346248 4810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.156e-11■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 CHST15-202ENST00000435907 4820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.266e-11■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.517e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.114e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.964e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.747e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ANP32A-207ENST00000486054 2015 ntTSL 219.1■□□□□ 0.657e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.57e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 TCF3-201ENST00000262965 4451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.047e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 TCF3-202ENST00000344749 4289 ntTSL 5 BASIC14.43□□□□□ -0.17e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SPPL2B-214ENST00000622308 749 ntTSL 1 (best)14.16□□□□□ -0.144e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SPPL2B-206ENST00000593243 551 ntTSL 413.93□□□□□ -0.184e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ANP32A-201ENST00000267918 1084 ntTSL 313.54□□□□□ -0.247e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ANP32A-206ENST00000483551 3711 ntTSL 510.1□□□□□ -0.797e-7■■■■■ 32.5
Retrieved 100 of 27,864 protein–RNA pairs in 215.8 ms