Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC23.95■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.2 ms